En la etapa 16, Riis hizo lo que nunca habíamos visto antes o después, y destronó al gran campeón.
Riis corrió por primera vez el Tour de Francia en 1989, pero su año de despegue no llegó hasta 1993, cuando consiguió una victoria de etapa y el quinto puesto en la clasificación general. Volvió a ganar una etapa en 1994 y consiguió vestir el maillot amarillo por un día en 1995, terminando tercero en la general. En el Tour de Francia de 1996 lideró el equipo Telekom.
El Tour de 1996 comenzó con un prólogo contrarreloj en el que Riis e Indurain casi empataron, siendo 11 y 12 segundos más lentos que el ganador Alex Zülle, respectivamente. Las cinco etapas siguientes fueron el patio de recreo de los velocistas, como Mario Cipollini y Erik Zabel. Antes de que comenzara la escalada en la séptima etapa, Riis e Indurain estaban justo al lado en la clasificación general en séptimo y octavo lugar, perdiendo cuatro minutos 16 segundos y cuatro minutos 17 segundos, respectivamente.
Indurain se mostró muy bien en las dos primeras subidas importantes del Tour en la séptima etapa, señalando a los demás que estaban compitiendo por el segundo puesto. Pero entonces, a falta de unos tres kilómetros para la meta, ocurrió lo increíble. Indurain tenía problemas. Se quedó descolgado del grupo que incluía a la mayoría de los aspirantes a la clasificación general, incluido Riis. Se quedó sin comida y se quedó sin fuerzas.
Indurain se desesperó tanto que hizo señas a los demás corredores de que necesitaba comida. Se apiadaron de él y le dieron un poco. Fue un shock para todos que un corredor tan experimentado cometiera un error tan elemental. Indurain terminó a más de cuatro minutos del ganador de la etapa y había cedido mucho tiempo a sus principales competidores. Riis ocupaba la cuarta posición tras esta etapa, a sólo ocho segundos del maillot amarillo, mientras que Indurain era 14º, con una diferencia de tres minutos y 32 segundos. Después de cinco años de dominio de un solo hombre, por fin parecía que el Tour estaba realmente abierto para que cualquiera pudiera ganar.
La siguiente etapa era una contrarreloj individual en subida hasta Val d’Isère. Indurain, un contrarrelojista que normalmente podía escalar muy bien, ascendió al 11º puesto pero perdió casi otro minuto con Riis.
En la novena etapa, Riis comenzó a atacar casi desde el principio. Sus tres primeros ataques fueron respondidos, pero el cuarto fue demasiado para los demás. Tenía 20 segundos de ventaja sobre el grupo perseguidor en la cima de la primera subida y amplió su ventaja en la última subida. Con su asombrosa actuación de ese día, se hizo con el maillot amarillo. La desventaja de Miguel Indurain aumentó a cuatro minutos y 38 segundos, pero aún quedaba por disputar más de la mitad del Tour.
Durante las siguientes dos etapas, el equipo Telekom controló la carrera para Riis, dejando que se escaparan escapadas de los no contendientes, pero repeliendo diligentemente las verdaderas amenazas. Esto significaba que la batalla final se libraría en los Pirineos, a partir de la etapa 16, que se convirtió en una de las etapas más sorprendentes de la historia de la carrera.
La etapa 16 tenía 199 kilómetros y culminaba con una larga y dura subida a Hautacam. Los mejores corredores seguían juntos al comienzo de la subida. Nada más comenzar Alex Zülle se puso en marcha. Richard Virenque arrastró a los escaladores de élite hasta él. A falta de nueve kilómetros, fue Riis quien puso a prueba a los demás con un ataque de tanteo e Indurain fue capaz de quedarse con él. Riis bajó un poco la potencia. Volvió a atacar y esta vez sólo cuatro corredores pudieron seguirle. Después hizo algo completamente inesperado.
Bajó un poco la velocidad, fingiendo que tenía problemas y rodó junto a los demás, mirando atentamente a cada uno de sus competidores. Cuando estuvo seguro de que todos estaban al límite, subió la colina como un cohete. Terminó en solitario, con dos minutos y 28 segundos de ventaja sobre Indurain. Fue una maniobra excepcionalmente arriesgada.
La etapa 17 era la última etapa de montaña en Pirineos camino de Pamplona y la última etapa en la que Indurain y otros competidores podían sacar suficiente tiempo a Riis. Había siete subidas en total y cinco de ellas eran de categoría dos o superior. En la primera subida dura, Riis mantuvo un ritmo alto, lo que redujo el pelotón a sólo 11 corredores. Richard Virenque y Laurent Dufaux siguieron apretando el ritmo e Indurain no pudo responder. La etapa se redujo a un sprint final entre Riis y Dufaux, que Riis perdió por poco.
La etapa 20 era una contrarreloj individual de 63,5 kilómetros, en la que era poco probable que Riis perdiera su liderazgo. Parecía cansado después de tres duras semanas de carrera, pero hizo lo suficiente para mantener el maillot amarillo. La verdadera sorpresa fue Jan Ullrich, que superó al líder de su equipo, Riis, por dos minutos y 18 segundos, e incluso al anterior campeón, Indurain, por 56 segundos. Aunque la rivalidad entre los dos compañeros de equipo Ullrich y Riis jugaría un papel importante en 1997, el Tour de 1996 estaba decidido. Miguel Indurain terminó en 11º lugar a 14 minutos y 14 segundos del nuevo campeón Bjarne Riis. Riis tardó 11 años como ciclista profesional en llegar a este logro. No sería capaz de repetir una actuación así en el resto de su carrera.